Centar za mikrobilogiju, kao posebna organizaciona jedinica, formiran je u maju 2007. donošenjem Statuta ZJZ Šabac i sadrži dva odeljenja:
1.odeljenje za prijem kliničkog materijala
2.odeljenje za mikrobiloške analize.

Centar se bavi kliničkom mikrobilogijom, odn. laboratorijskim uslugama u oblasti kliničke mikrobiologije u primarnoj zdrastvenoj zaštiti. Osnovni ciljevi kliničke mikrobilogije u okviru ZJZ su:
-dijagnoza najčešćih bolesti izazvanih mikrobiološkim agensima i nadzor njihovog lečenja
-savetodavna aktivnost u smislu saradnje sa kliničkim lekarima radi rešavanja i lečenja kliničkih problema sa ciljem obezbeđivanja najboljeg tretmana pacijenata, kao i racionalne upotrebe antibiotika.